农村合作医疗不能补交。农村合作医疗实行的是年度参保原则，每年集中参保缴纳时间为每年的11月份到12月份尾，生效时间为次年的1月1日，也就是说农民参加合作医疗必须在每年11－12月参保，次年补交只能在下一年才能生效。