心肌酸寡糖素（GAGPS）和氨基寡糖素（GAG）是两种不同的多糖类物质。

1. 结构上的区别：心肌酸寡糖素是由心肌酸（mucin）和寡糖基团组成的多糖，其中寡糖基团通常是由葡萄糖胺（glucosamine）和半乳糖醛酸（galactosamine）等单糖组成。而氨基寡糖素是由氨基糖（glucosamine）和半乳糖醛酸（galactosamine）等单糖构成的多糖。

2. 分布和功能上的区别：心肌酸寡糖素主要存在于心室壁、主动脉和软骨等结缔组织中，具有润滑、减震和抗磨损的功能。氨基寡糖素广泛分布于人体各个组织和器官中，包括软骨、骨骼、皮肤、眼睛和血管等，具有维持组织结构、调节细胞增殖和抗炎等多种生理功能。

因此，心肌酸寡糖素和氨基寡糖素在结构和功能上存在差异，且在体内的分布也有所不同。