"Run out" 与 "be run out" 都可以表示超时（Out of time）的意思，但两者在使用上还是有一些区别的。

"Run out" 是一个及物动词短语，意思是 “用完，耗尽”，也可以表示 "超时"，比如 "The kitchen ran out of bread." （厨房的面包用完了。） "She was run out of time to complete the assignment." （她没有足够的时间完成任务。）。

"Be run out" 则是由 be 动词和 run out 这个动词短语构成的被动语态，表示 "被用完，耗尽"，同样也可以表示 "超时"，比如 "The game was about to end when the last player was run out." （比赛即将结束时，最后一个选手超时了。）

因此，"Run out" 是主语自己用完了/超时了，而 "be run out" 是主语被动的被用完/超时了。