香港西九龙站采用“一地两检”通关模式。无论从哪个车站进站，旅客直接上车即可。抵达香港西九龙站后，再进行出、入境通关程序。

相较于其他口岸“两站两检”的通关模式，乘坐广深港高铁来香港可以节约半小时通关时间。