微波炉烤红薯时，包锡纸和不包锡纸的区别主要表现在两个方面：

1. 口感：使用锡纸包覆红薯，能够减少水分和营养成分的流失，使烤出来的红薯口感更加香甜软糯。而不包锡纸的红薯，水分和营养成分流失较多，口感容易变得干硬。

2. 烹饪时间：使用锡纸包覆红薯，由于锡纸具有良好的导热性，可以使红薯更快受热，缩短烹饪时间。

因此，如果希望烤出来的红薯口感更好、烹饪时间更短，建议使用锡纸包覆红薯。如果不介意口感较干或者烹饪时间较长，也可以选择不包锡纸。