如果农业银行卡电子账户被注销，用户将失去账户中的所有资金和服务。此外，任何通过该账户进行的自动扣款和转账都将停止。同时，所有与该账户相关的个人信息和交易历史也将被清空。因此，建议用户在注销账户之前，仔细考虑账户中的资金和服务需求，以及是否有其他账户可以使用。